De Twiskemolen bemaalt de ca. 650 ha grote Twiskepolder als onderbemaling van de polder Oostzaan. De Twiskepolder is als polder en waterstaatkundige eenheid pas in de jaren veertig van de 20e eeuw ontstaan. Vanouds maakte het gebied grotendeels deel uit van de ca. 2685 ha. grote waterrijke en veenachtige polder Oostzaan, die vanaf het midden van de 17de eeuw tot 1910 door drie achtkante molens bemalen werd op het IJ.

In het kader van de werkverschaffing werden in de jaren dertig plannen gemaakt om dit gebied, dat voor de ene helft uit water en voor de andere helft uit land bestond, in te polderen en in cultuur te brengen als grasland. In 1941 werden de gronden door de staat gevorderd. In 1943 waren de droogmakingswerkzaamheden zover gevorderd, dat de dijk kon worden gesloten. Na verlaging van het waterpeil werd een begin gemaakt met de ontginningswerken. In 1957 werden deze beëindigd toen er als gevolg van de veranderde economische omstandigheden feitelijk geen werklozen meer waren.

In de jaren zestig werd het gebied gebruikt voor zandwinning en werd tevens de gedachte ontwikkeld om deze polder een recreatieve bestemming te geven.
De plannen hiervoor waren in 1972 zover rond dat in augustus van dat jaar de uitvoering ervan kon worden aangevangen. Als eerste werd begonnen de vroegere hoofdstructuur van het gebied te herstellen. Daarna moest het van 1943 daterende hulpgemaal worden vervangen, waarbij de gedachte naar voren kwam om hiervoor een echte Hollandse windwatermolen te (her)bouwen, die dan tevens zou kunnen fungeren als machinistenwoning. Een elektrische hulpaandrijving zou de waterbeheersing bij windstilte moeten veiligstellen.

Voor dit doel werd het te Nieuw-Vennep opgeslagen achtkant van de voormalige molen van de Hooglandspolder te Barsingerhorn aangekocht. Die molen, oorspronkelijk vermoedelijk al in 1541 gebouwd, was in 1939 onttakeld, nadat in het jaar daarvoor bij stilstand een (met Bilau-kleppen uitgeruste) roede was gebroken. De romp bleef vervolgens jarenlang mét kap en bovenas (maar zonder wiekenkruis) staan en was tot in de jaren zestig als woning in gebruik.
In 1967 werd hij echter afgebroken met het doel, hem te Nieuw-Vennep te herbouwen op de onderbouw van de in de jaren '30 gesloopte korenmolen 'de Rijzende Zon'. Die plannen werden echter niet gerealiseerd en dus bleven achtkant en kap in opslag.

Na aankoop door het Recreatieschap Twiske-Waterland volgde in 1973-1974 opbouw op de huidige plaats. De molen veranderde toen wel enigszins, want hij werd duidelijk iets groter dan destijds in Barsingerhorn. Daar was de vlucht 21,70 m., bij de herbouw in 1974 is deze omwille van de maalcapaciteit vergroot tot 24 meter. Hiertoe werden de achtkantstijlen 0,75 m. langer gemaakt. Met uitzondering van het bovenwiel is er voor de herbouw een geheel nieuw gaandewerk gemaakt. De molen kreeg een stalen vijzel die op windkracht, via 'licht' en 'zwaar' werk, met twee verschillende snelheden kan worden aangedreven, daarnaast was er een elektromotor. Sindsdien is de molen regelmatig voor de bemaling van de Twiskepolder in bedrijf en dient tevens als woning voor de molenaar/machinist.

Op dinsdag 18 oktober 2016 ging het hier goed mis toen de molen door een windhoos werd getroffen. Het wiekenkruis stortte uit de molen, nadat de bovenas was gebroken. Het voorste gedeelte van de kap werd ook vernield. De schade aan de molen was zeer groot.

Op 27 oktober werd de zwaar beschadigde kap met een grote kraan van de molenromp gehesen en de restanten van het wiekenkruis verwijderd (de gebroken as en wieken heeft men later naast de molen opgesteld als monument).

In oktober 2017 ging molenmaker Poland uit Oterleek aan de slag. In februari 2018 werden de onderdelen voor de kap aangevoerd, de kap zou verder ter plaatse in elkaar worden gezet. 16 februari was de nieuwe kap op het rietdek na klaar.
Voor deze molen is een nieuwe bovenas gegoten en die is nu ook qua grootte en zwaarte beter berekend voor zijn taak. De oude as, immers gegoten voor een molen met een kleinere vlucht, was mogelijk toch iets te licht. 8 mei 2018 plaatste men de kap op de romp en direct daarna werden de nieuwe roeden gestoken.
Niet lang daarna maakte de molen, nog niet maalvaardig, zijn eerste rondjes. Op 3 juli 2018 was ook weer sprake van een maalvaardige molen.

Tijdens deze grote restauratie heeft men ook dendrochronologisch onderzoek (onderzoek naar de leeftijd van het in de molen toegepaste hout) uitgevoerd. Hieruit is gebleken, dat de eiken waarvan het achtkant is gemaakt, rond 1540 moeten zijn gekapt. Het bouwjaar van het achtkant te Barsingerhorn, dat op 1574 werd gehouden, kon hiermee nog enige tientallen jaren omlaag. Dit achtkant behoort aldus, met de molens van Hoogwoud (Lastdrager, 1526), Groenveld (1530), Waarland (1532) en Aartswoud (1541) tot de oudst bekende van Nederland.

Van de kap van Barsingerhorn weet men inmiddels dat deze in 1764 is vernieuwd, door molenmaker Spaans. Bij de huidige restauratie heeft men de baard naar oude foto's uit de periode-Barsingerhorn gekopieerd.

Ook het bovenwiel, eveneens nog afkomstig uit Barsingerhorn, is het vermelden waard: bijzonder oud, getekend door het leven en volstrekt doorrookt na eeuwenlange bewoning, maar nog niet versleten!