De tweede Broekermolen is een zeer waarschijnlijk in 1631 gebouwde achtkante binnenkruier. Hij bemaalde met nog vier, inmiddels verdwenen, molens de ca. 1805 ha. grote polder Uitgeester- en Heemskerkerbroek op de Schermerboezem.

Deze polder vormde een groot deel van het gebied, gelegen tussen de duinen en de vroegere Krommenije, de voormalige verbinding tussen het Alkmaardermeer en het IJ. Oorspronkelijk bestond dit uit enkele zelfstandige delen, de Heemskerker Noordbroek, de Heemskerker Zuidbroek en de aan het Alkmaardermeer grenzende Uitgeesterbroek. Met name dit laatste en laagst gelegen deel had vaak last van het vele water dat uit de duinen afkomstig was en via de hoger gelegen gronden onder Heemskerk zijn weg zocht naar het Alkmaardermeer. Dit leidde tot veel onenigheid tussen Heemskerk en Uitgeest. Men meende een oplossing te kunnen vinden in een regeling die in 1577 tot stand kwam, waarbij de Uitgeesterbroek en de Heemskerker Noordbroek zich tot één polder verenigden. De bij die gelegenheid genomen besluiten ten aanzien van de verbetering van de afwatering bleken onvoldoende, waarop in 1585 besloten werd om twee molens te bouwen.
Beide molens kwamen in 1586 gereed en werden gebouwd aan de Lagedijk te Uitgeest. Het waren buitendijks gelegen molens, die als onderdeel van de latere groep van vijf de nummers 1 en 4 zouden krijgen. 
De afvoer van duinwater was echter zo groot, dat al spoedig bleek dat twee molens voor de Uitgeesterbroek in ieder geval onvoldoende waren. Ondanks veel verzet van de zijde van het hoger gelegen Heemskerk werd in 1631 er een 'derden achtcanten waetermoolen' bijgebouwd. Blijkens een kaart uit 1637 was dit molen nr 2. Ook de toen al bestaande molens waren van dit type.
Dat Heemskerk toch profijt had van de nieuwe molen blijkt wel uit het feit, dat de Staten in 1637 beslisten dat alsnog in de kosten ervan moest worden meebetaald.
In 1647 kwamen er plannen op tafel om er nog twee molens bij te bouwen en ook nu stuitte dit op veel verzet. Heemskerk vond drie sluizen en drie molens voldoende, maar op 8 augustus 1654 beslisten commissarissen van de Staten dat er nog twee molens voor gezamenlijke rekening moesten worden geplaatst. Spoedig daarna stonden er aan de Lagedijk vijf molens. De molens nummer 3 en 5 moeten dus in of kort na 1654 zijn gebouwd.
Zo'n dertig jaar later werd het door de molens bemalen gebied vergroot met de aangrenzende polder Heemskerker Zuidbroek. De Zuidbroek had voorheen een eigen molen die, waarschijnlijk via een voorboezem en een sluis in de Sint Aagtendijk, uitmaalde op de Kil, het overblijfsel van de Krommenije.
Nadat deze molen in 1682 verbrandde werd de lozing op de Heemskerker Noordbroek, waarvoor al in 1675 een overeenkomst was gesloten, een definitieve zaak.

In 1800 bleek een van de molens aan groot herstel toe, maar met het voorstel om hem maar buiten dienst te stellen kon een meerderheid zich niet verenigen. Anders was dat in 1805: op 12 juni dat jaar verbrandde molen nr. 5 en ondanks veel verzet werd besloten deze niet meer te berbouwen.
In 1856 verbrandde molen nr. 1. Deze was nog met een scheprad uitgerust en dateerde waarschijnlijk van 1586 (inderdaad: de jaartallen vormen een anagram). Op de plaats van deze molen werd in bet daarop volgende jaar een nieuwe achtkante vijzelmolen gebouwd naar ontwerp van Aart van Lith, toen de vaste molenmaker van de polder.

Molen nr. 2, de molen dus waar dit verhaal over gaat, werd in 1866 vervijzeld.

In 1874 werd besloten de bemaling te versterken met een stoomgemaal dat op de oude schutsluis aan het begin van de Lagedijk werd gebouwd. Het gemaal, dat werd uitgerust met twee vijzels, kwam nog in datzelfde jaar gereed waarna in 1876 de molens nummer 3 en 4 werden afgebroken.
De beide overgebleven molens bleven in bedrijf, tot in 1925 het gemaal werd geëlektrificeerd en de vijzels ervan vervangen werden door pompen. Het definitieve besluit viel op 3 februari 1926. Molen nr. 1 werd in april 1929 voor ƒ 1540,-- voor afbraak verkocht, daarna onttakeld en in 1930 geheel afgebroken.

Molen nr. 2 werd op 11 januari 1930 verkocht aan oud-molenaar Cor Deijle, die de molen vanaf 1916 had bemalen: hij bleef de molen bewonen. Aan hem is te danken dat de molen behouden bleef. Wél werden in de loop der jaren de gaande werken verwijderd en de waterlopen gedicht. Na het overlijden van Deijle (18 maart 1967) is de molen als zomer- en weekendverblijf gebruikt.

Nadat de molen in 1975 weer draaivaardig was gemaakt (en ook weer af en toe aan het draaien werd gebracht) werd in later jaren gestreefd naar algeheel maalvaardig maken. 
In 1989 begon ingrijpend herstel: nieuw ondertafelement, achtkant rechtgezet t.o.v. fundering, dichtgemaakte waterlopen uitgegraven en hersteld, nieuw gaandewerk (op bovenwiel na) en roeden. Ook is hier toen 'licht en zwaar werk' toegepast, zodat de vijzel, afhankelijk van de wind, met twee snelheden kan worden aangedreven.
Opmerkelijk: dit ingrijpende herstel, met maalvaardig maken, bereikte men met steun van allerhande instanties, waaronder het waterschap, terwijl de molen particulier bezit bleef! In die tijd was Niels Daan eigenaar; in 1997 werd dat de familie Van Eerden. 

In 2014 werd de molen door een gespecialiseerd bedrijf ingepakt en vervolgens uitgegast, dit om de bonte knaagkever uit te roeien. Kort daarna kon de molen weer malen.