De huidige molen heeft tenminste één voorganger gehad. Al in de 17e eeuw stond hier een molen; begin 19de eeuw stond op de zelfde plek (ook op een belt) een houten molen van het type bovenkruier. Op 17 maart 1887 brandde deze molen geheel af. Een jaar later volgde herbouw, nu als ronde stenen molen.

Op 18 juli 1930 werd de molen wederom door brand verwoest. In de Nieuwe Gorinchemsche Courant van 23 juli 1930 staat hierover te lezen: "Door het warmloopen van een as brak brand uit in den korenmolen van den heer P. Sommerdijk te Lobith. De brandweer verscheen met een kleine handbrandspuit, die moest gevoed worden door middel van emmers water, die over een afstand van 300 Meter aangedragen worden. Het resultaat van de brandbluschpogingen was echter van dien aard, dat men spoedig het werk staakte. Een brandweerman ontdekte plotseling, dat de spuit honderd jaar oud was. De brandweerlieden vonden hierin aanleiding om de spuit te gaan versieren. Juist toen men met de versiering van de spuit gereed was, stortte de molen in. De molen is tot den grond toe afgebrand".
(Niet bekend is, of deze 'brandweer' later vanwege dit geklungel nog van hogerhand is berispt). 

De molen brandde overigens niet 'tot den grond toe' af: de stenen romp bleef overeind, werd later hersteld en diende vanaf dat moment een elektrisch maalbedrijf.
Na 1960 werd dit door de overheid gesaneerd en raakte de molenromp in verval. Omdat pogingen tot behoud op niets uitliepen, dreigde zelfs totale sloop. Om deze reden redde in de jaren '80 molenaar Dick Abelskamp sr. (van de Nooit Gedacht te Warnsveld) hier nog een koppel stenen (en plaatste dit enige tijd later als derde koppel in zijn molen).

Maar de zaken namen toch een gunstige wending: op 21 augustus 1987 werd de stichting Vrienden van de Lobithse Molen opgericht met als motto: "Molenrestauratie, door deze generatie".
Rehabilitatie van deze molenromp werd langzaam voorbereid en werd tenslotte realiteit: op 13 juli 1995 werd een nieuwe met riet bedekte kap geplaatst. Nationale Molendag (11 mei 1996) is de Tolhuys Coornmolen feestelijk opnieuw in gebruik genomen. Ter demonstratie wordt er veevoer gemalen.

In oktober 2016 heeft men de molen stilgezet omdat beide roeden scheuren vertoonden. De oorzaak daarvan zat in de voor deze roeden feitelijk te kleine ashuizen. De bovenas was naar verluidt bovendien te kort voor deze kap en molen, maar dan ook eigenlijk bedoeld voor de molen van Coops te Zelhem. De beoogde rehabilitatie van dié molen in 1987 ging toen echter niet door (wat inmiddels een ander verhaal is).
In februari 2018 zijn beide roeden gestreken, enkele dagen later ging ook de bovenas eruit. In maart daarna werden kort na elkaar eerst een nieuwe bovenas gestoken en vervolgens de nieuwe roeden. Eind maart was de molen weer maalvaardig.

In de zomer van 2023 kreeg de kap een geheel nieuw rietdek.