Het is niet bekend of de molen een voorganger had: in deze regio zijn vroeger diverse standerdmolens vervangen door stenen molens.

In 1895 werd de molen door Reijer van Ommeren (afkomstig van een molen uit Achterberg bij Rhenen) gekocht en er is een paar generaties op gemalen. Dit duurde tot 1930: daarna werd de windkracht niet meer benut en de toestand langzamerhand slecht. 

In 1959 werd een flinke restauratie uitgevoerd, waarbij tweedehands roeden werden gestoken die van het systeem Van Bussel werden voorzien. Deze wiekverbetering bleek in de praktijk zinloos, want gedraaid of gemalen werd er niet en dus was er al spoedig weer sprake van verval. 

Een nieuwe restauratie werd in 1980/1981 uitgevoerd, voornamelijk op initiatief van de Elster huisarts W.A. van Ommeren (naamgenoot, maar geen directe familie van de laatste molenaar). Hierna werd weer op kleine schaal gemalen voor enige bakkers in de omgeving.
Helaas kwam de molen al spoedig weer tot stilstand, deels vanwege de matige omgeving, deels omdat de restauratie niet voldoende was geweest en zich nieuwe technische problemen aandienden.
De stilstand duurde veel langer dan bedoeld, omdat de Stichting de Utrechtse Molens toen financieel in zwaar weer was geraakt en veel werk moest worden uitgesteld.

Pas in juni 2005 werd, met het afnemen van de kap, een forse restauratie ingezet en toen ging het snel: al op 22 december datzelfde jaar volgde de feestelijke heringebruikname. Het koppel blauwe stenen was weer maalvaardig en daar werd zo nu en dan veevoer gemalen. 

In november 2009 zette men de molen stil vanwege ingrijpend herstel aan het metselwerk. Dit kon echter, door de strenge winter van 2009/2010, niet worden afgerond, althans: de molen was begin 2012 nog steeds 'lek'.
Halverwege 2013 werd  er toch weer gewerkt: staartwerk, roeden en windborden opnieuw in de verf en de stenen romp gereinigd. Ook werd geprobeerd, de lekkage van de romp met bijenwas te stuiten, naar verluidt met behoorlijk succes.
Later werd de omgeving, met name vanuit ZW, beter nadat er flink gesnoeid en gekapt was.
In de laatste weken van 2016 werd proefgemalen met het koppel kunststenen. Dit ging heel goed en sindsdien maalde men geregeld maïs. In 2017 vervingen de molenaars zelf alle inmiddels slecht geworden windborden. Vroeg in 2019 kreeg de kap een geheel nieuw rietdek. 

Eind 2021 volgde helaas wéér stilstand, ditmaal vanwege de roeden. Zoals bekend zette de SDUM toen veel van haar molens stil vanwege twijfel over de kwaliteit ervan. In Elst bleek dat inderdaad het geval. Dus was deze molen weer langere tijd tot inactiviteit gedoemd.
Begin 2023 gingen de borden eruit, laat in dat jaar werden de roeden kaalgezet en begin april 2024 gingen dan de roeden eruit en de staart eraf. 
Een geheel maalvaardige 't Wissel te Elst Utrecht wordt niet eerder verwacht dan medio 2025!