De polder Waarland (363 ha) behoorde vanouds tot het zogenaamde oude land (een polder; geen droogmakerij) en werd vóór de droogmaking van de omringende meren in de eerste helft van de 17de eeuw aan bijna alle zijden omringd door de Geestmerambachtsboezem.

Waarschijnlijk is de windbemaling hier tegen het midden van de 16de eeuw ingevoerd. Op een van omstreeks 1571 daterende kaart staat op deze plaats een binnenkruier aangegeven met daarbij de aantekening: Waertmolen. De uit 1575 daterende kaart van Beeldsnijder laat de molen ook overtuigend zien. Geconcludeerd moet worden, dat dit één van de oudste nog bestaande molens van Noord-Holland is.
Deze conclusie kreeg in 2017 verdere onderbouwing: door middel van zgn. dendrochronologisch onderzoek (vast proberen te stellen hoe oud het toegepaste hout in deze molen is) bleek aan de hand van drie verschillende monsters dat het eikenhout waarvan het achtkant hier is gemaakt omstreeks 1530/1531gekapt moet zijn. Op grond van wat men in soortgelijke gevallen weet, kan het bouwjaar van de molen niet veel jonger zijn. Het is aannemelijk dat deze molen in of omstreeks 1532 is gebouwd. Daarmee blijkt deze molen nog ouder dan al eerder was geconcludeerd. 

Het eiken achtkant staat op merendeels op het hart van de molen gerichte penanten en heeft een boventafelement met blokkeelconstructie. Opvallend is dat de beide bintlagen bestaan uit legeringsbinten die ter plaatse vrij van elkaar liggen. Die van de onderste bintlaag zijn ter verstijving van het geheel met vulstukken en bouten aan elkaar verbonden.
Merkwaardig is ook dat in een van de velden van het achtkant slechts een groot veldkruis aanwezig is, in plaats van twee, zoals in de overige velden. In alle velden is daarnaast ter verstijving nog een groot extra veldkruis aangebracht.

De oorspronkelijk met een scheprad uitgeruste molen is tussen de jaren 1819 en 1863 vervijzeld. In 1877 is naast de molen een stoomvijzelgemaal gebouwd ter ondersteuning van de windbemaling. In 1935 werden Dekkerwieken aangebracht.

In 1949 kwam voor de molen Waarland het einde als maalwerktuig: toen werden namelijk de polder Waarland, de Slootgaardpolder, de Schaapskuilpolder, de Speketerspolder en de polder de Koog- en Bleekmeer samengevoegd tot het nieuwe Waterschap Waarland, waarvoor twee nieuwe gemalen werden gebouwd. De molen en andere gemalen verloren hun functie en, in geval van deze molen, meer dan dat: door ruilverkaveling veranderde de waterstaatkundige situatie in dit gebied sterk. De voorboezem en de vroegere poldersloten verdwenen, terwijl het polderpeil sterk werd verlaagd. Vijzel, vijzelwiel en onderbonkelaar werden verwijderd, waarna de molen uitsluitend nog als woning dienstdeed. Koningspil en bovenschijfloop werden in 1973 weggehaald, waarna die laatste later een plaats zou krijgen in de maalvaardig te restaureren Grote Molen te Schellinkhout. De molen Waarland was niet alleen zijn binnenwerk vrijwel kwijt: ook de omgeving veranderde en verboste voor een groot deel. 

In latere jaren werd, met de opkomst van vrijwillig molenaarschap, ook deze molen weer af en toe aan het draaien gebracht. Ook kwam er enige verbetering in de omgeving.

In 2017 heeft men de situatie wat het binnenwerk betreft deels ongedaan gemaakt: er is een nieuwe koningspil geplaatst en het bovenschijf keerde terug uit Schellinkhout (die molen kreeg een andere, nieuwe). Als onderbonkelaar en vijzelwiel zijn oude en voor die molen niet meer bruikbare wielen van De Woudaap te Krommeniedijk museaal opgesteld. Datzelfde gold voor de oude houten vijzel uit de Noordermolen te Akersloot (die daartoe wél fors in diameter is verkleind). 
Het interieur is museaal gerestaureerd: de woning in de molen was, na alles wat er allemaal rond deze molen wél gebeurd was, tot voor enkele jaren bewoond maar feitelijk nooit veranderd en biedt daarom tot de dag van vandaag inzicht hoe men ca. 100 jaar geleden een dergelijke molen bewoonde.