De Poldermolen Oudegein is in 1666/1667 gebouwd als vervanger van een molen uit 1627 op dezelfde plaats. De nieuwe molen ging de polders Oudegein en De Wiers beneden de Vaart bemalen die toen werden gecombineerd (met in totaal, naar latere maatstaven gemeten, een oppervlakte van 210 hectare).

In 1935 kreeg het scheprad een Ericsson-installatie, waardoor dit ook elektrisch kon worden aangedreven. Gebruik van de windkracht bleef evenwel ook mogelijk.
Maar vanaf 1945 werd alleen de elektromotor nog gebruikt en in 1955 was ook dit afgelopen, nadat elders een nieuw gemaal was gebouwd. De molen werd grotendeels ontdaan van het binnenwerk en bleef aldus uitsluitend monument.
In de loop van de tijd ging deze molen, onder invloed van opkomend vrijwillig molenaarschap, weer draaien. W. Star, schoonzoon van H. de Jong, de laatste beroepsmolenaar hier, zorgde daarvoor.

In de jaren '70 en '80 raakte deze molen steeds sterker ingesloten door de bebouwing van het sterk groeiende Nieuwegein. Intussen ging het met de molen zelf steeds minder goed: in 1982 stelde men vast dat het bovenhuis inmiddels te slecht was geworden om nog verantwoord te kunnen draaien.
Een nieuw bovenhuis was in 1983 klaar, maar de onderdelen lagen vervolgens jarenlang in de werkplaats van molenmaker Verbij in opslag. De reden: men werd het niet eens over de nieuwe plaats van deze molen. Pogingen om de molen buiten het sterk verstedelijkte grondgebied van Nieuwegein te verplaatsen liepen op niets uit: de gemeente wilde de molen binnen haar eigen grenzen behouden. Ondertussen had men, eveneens uit veiligheidsoverwegingen, eind1988 de roeden laten strijken.

In 2003 keerde het tij: op een dieplader verhuisde de ondertoren naar een nieuwe plek nabij kinderboerderij IJsselstee. Het was de bedoeling dat de molen water ging rondmalen in het Park Oudegein. Daarom staat hij in een kuil in plaats van op boezempeil en zit het scheprad aan de achterkant in plaats van de zijkant.
In 2006 kon molenmakerij Verbij dan eindelijk het bovenhuis aanbrengen en de molen daarna verder draaivaardig maken. Maalvaardig was hij nog niet. Wel werd hij zo nu en dan weer in beweging gebracht. 

In 2007 werd bij de molen brand gesticht. Door snel ingrijpen van de brandweer bleef de schade beperkt tot het riet van de ondertoren. Goed nieuws was dat schilder en molenvriend John van Schaik de molen in 2015 zijn oorspronkelijke kleuren teruggaf.

Ook in 2015 nam een werkgroep het initiatief om de molen nu echt een functie te geven. De gemeenteraad van Nieuwegein stemde in juni 2016 hiermee in. Bedoeling was, de molen in te schakelen om de waterkwaliteit in het Park Oudegein te helpen verbeteren. Hiertoe werd onder meer het Hoogheemraadschap De Stichtse Rijnlanden bij het project betrokken.
In samenwerking met dat hoogheemraadschap en de gemeente kwamen er nieuwe waterlopen, kreeg de molen een scheprad en plaatste men een automatisch gemaal naast de molen. Op 24 september 2021 werd de maalvaardige molen feestelijk geopend. Hij kan uit- en rondmalen en draagt zo bij tot de waterhuishouding van het Park Oudegein. Opmerkelijk: de opleider onder het scheprad kan zo nodig worden versteld.

Even dreigde deze molen meegetrokken te worden in de problemen rond vele roeden in de provincie Utrecht maar na nader onderzoek bleken de roeden van deze molen voldoende betrouwbaar en mocht men blijven draaien en malen.

In mei 2024 heeft men de molen, waar de bonte knaagkever inmiddels een vaste verblijfplaats dreigde te krijgen, uitgegast op de al vaker toegepaste manier: inpakken in de grote geelgroene jas, deze voorzien van gas en dit heel langzaam en gecontroleerd laten ontsnappen. UIteraard waren hier speciale maatregelen genomen voor de dieren in het dierenpark.