De oorspronkelijke molen op deze plaats werd tegelijk met zeven andere molens in 1740 opgeleverd, ter bemaling van de lage boezem van de Overwaard. Bouwer was Pleun den Braanker uit Oud-Ablas.

Op 12 april 1981 brandde deze molen af: tijdens het vervangen van een gasfles ontstond lekkage en kon het ontsnapte gas vlam vatten. De molen overleefde de brand min of meer staande maar vrijwel direct was duidelijk dat, op het scheprad na, volledige herbouw zou moeten volgen.
Vervolgens bleek de molen voor slechts ƒ 75.000,-- verzekerd, terwijl de kosten voor herbouw zo'n 1,2 miljoen gulden bedroegen. De provincie Zuid-Holland zag geen kans om het eventueel tekort bij de herbouw aan te vullen. Op 28 maart 1983 werd daarom de Stichting Herbouw Molen te Kinderdijk opgericht met het doel fondsen te werven om herbouw van de molen mogelijk te maken.

Twee jaar later kon worden gestart met de herbouw. Het molenmakerswerk werd gegund aan de fa. Adriaens uit Weert. Door veel zelfwerk bleven de kosten van de herbouw beperkt tot ƒ 960.000,--. Op 26 april 1985 stelde Prins Claus de nieuwe molen officieel in gebruik.

De molen heeft door toeval destijds een grotere vlucht gekregen dan de bedoeling was en was vervolgens een tijdlang op dat gebied de grootste van Nederland: de oorspronkelijke begane grondvloer was met beton verhoogd tot boven het maaiveld waardoor de bestelde roeden na het steken duidelijk iets te kort waren en een stuk moesten worden verlengd.  Jaren later is de (gereconstrueerde) Boezemmolen Nr. 6 in Haastrecht deze molen qua vlucht voorbijgestreefd.

Op 2 juni 2005 knakte tijdens malen de binnenroede. Op 24 januari 2006 werd een nieuwe Derckx-roede gestoken. Bijna zeven jaar later bleek ook de buitenroede aan vervanging toe: op 11 april 2013 werd een nieuw exemplaar gestoken met de enorme lengte van 29,75 meter.

Achtergronden over ontstaan en ontwikkeling van de boezembemaling van de Overwaard zijn te vinden bij Molen nr. 1