Ondermolen D staat sinds 1636 op deze plaats. Eerder was deze vanwege de droogmaking van de Schermeer elders gebouwd, namelijk nabij Oudorp. Daar was deze molen tijdelijk middenmolen van een driegang. Dit was bepaald de opzet: naarmate de Schermeer meer en meer droogviel werden vrijwel alle op dat molen in gebruik zijnde molens verplaatst naar andere locaties, het meest aan de oostzijde (waar het water door de overwegend westelijke winden het makkelijkst naartoe liep). 

Op de nieuwe plek vormde deze molen, tezamen met middenmolen C, de derde trap van de bemaling in een groep die in totaal uit zes molens bestond. Aldus was tot 1850 deze molen (met de naastgelegen molen C) middenmolen van een driehoog malende gang schepradmolens. In dat jaar werden, experimenteel voor de Schermer, beide ondermolens A en B voor afbraak verkocht en kregen de middenmolens C en D andere waterlopen en langere vijzels, opdat zij een tweede én derde trap konden vormen. Zo werden zij van middenmolens ondermolens (feitelijk onder- en middenmolen tegelijk).
Die gewijzigde opzet heeft kennelijk niet echt voldaan, want er volgde daarna geen ombouw van de diverse andere middenmolens van de Schermer. 

In 1926 is deze molen buiten bedrijf gesteld, maar aan het einde van de Tweede Wereldoorlog was de molen weer enige tijd in bedrijf: men heeft toen met veel moeite een paar molens die nog met elkaar in verbinding stonden maalvaardig kunnen maken en de problemen (die inmiddels buitengewoon groot waren!) enigszins het hoofd kunnen bieden. 

Een korte terugblik vanwege de bijzonder functie van deze molen sinds 1969: 
Eens hielden 52 (en na het verdwijnen van de ondermolens A en B 50) windmolens De Schermer droog. In 1929 was hun rol uitgespeeld en werden de meeste gesloopt; enkele gingen in de loop van de 20ste eeuw door brand verloren (let wel: vóór 1900 kende de Schermer vanaf 1635 vrijwel géén molenbrand!). 

Thans resteren er nog 11 Schermermolens. Meer dan elders is dat te zien in en om deze molen: in 1969/70 werd Ondermolen D maalvaardig gerestaureerd en in gebruik genomen als museum. 
Beneden is de authentieke 19e-eeuwse molenaarswoning te bezichtigen. Vele oude gebruiksvoorwerpen sieren de kamers. De zolders herbergen een uitgebreide collectie molenmakersgereedschappen. De molen kan tot in de kap beklommen worden.
In de ontvangstruimte naast de molen wordt een diaserie in vijf talen vertoond. Voor een in verhouding laag bedrag krijgt men hier een uitstekend beeld van wonen en werken in een poldermolen en van droogmakerijen in het algemeen.

Wat deze molen zelf betreft: de bovenkolk is voorzien van een overstort; in de praktijk maalt deze molen vrijwel uitsluitend in circuit. Alleen bij uitzondering gaat de schuif in de overstort dicht en maalt de molen het water als het ware naar Bovenmolen E. 

Deze molen onderging, hoewel zelf maalvaardig, ook een beurt in het kader van met maalvaardig maken van alle Schermermmolens. Hier is de bestaande houten vijzel geheel vernieuwd, de kapconstructie met ijzerwerk verstevigd en zijn drie velden nieuw riet aangebracht (in de recordtijd van 4½ dag).

Eén opmerkelijk feit van recentere datum: op 27 augustus 2005 raakte de vijzel door een houten balk geblokkeerd en sloeg vast. Als gevolg draaide de koningspil af en raakten ook bovenwiel en -schijf beschadigd. Oorzaak was een (vermoedelijk opzettelijk in de vijzel gegooide) houten balk. Persoonlijke ongelukken deden zich niet voor. Eind maart 2006 was de schade hersteld en de molen weer maalvaardig.

In 2021 was de houten vijzel aan vervanging toe: in juni plaatste men een geheel nieuw exemplaar. Op 28 juli gaf deze voor het eerst water.
Eveneens aan vervanging toe waren beide gelaste roeden: na ruim 50 jaar waren deze uitgediend. Op 10 september 2021 stak men nieuwe geklonken roeden.