Op 30 mei 1630 werd in het stadhuis van Purmerend tussen de burgemeesters van die plaats en die van Wormer en Jisp een overeenkomst gesloten, namelijk: sekere accoord tot conservatie van de Oude Landen, gelegen in de Banne der voorz. Stede van Nek, mitsgaders die van Wormer en Jisp om dezelve in eenen goeden en suffisanten Ringdijk te besluijten ten fine om van het opmaalen van de Watermoolens der bedijkte meeren als andere inundatiën te mogen zijn bevrijd.
Op de bedijking, die nog in dat zelfde jaar gereed kwam, werden drie molens gebouwd. Het waren De Poelmolen aan de Zaan, ook wel De Handschoen genaamd, De Nekkermolen aan de Beemsterringsloot bij Neck en De Jispermolen aan de ringsloot van de Wijde Wormer bij Jisp. Binnen de bedijking was opgenomen het voordien met de Zaan in open verbinding staande Schaalsmeer, waarvan de droogmaking al snel te hand werd genomen. Voor de droogmaking en de latere bemaling werd in 1631 een betrekkelijk kleine achtkante molen gebouwd die ging uitmalen op het polderwater van het Heemraadschap.
In het begin van de 18de eeuw bleek het noodzakelijk om de bemaling van het Heemraadschap te versterken, waartoe in of omstreeks 1726 aan de zuidoostkant van de polder een vierde achtkante schepradmolen werd gebouwd die de naam De Zuidooster zou gaan dragen.

De Zuidooster en De Poelmolen waren in 1864 nog steeds met een scheprad uitgerust, in tegenstelling tot De Jispermolen en De Nekkermolen, welke in dat jaar beide
met een staande vijzel werkten.
De verbouwing van deze beide laatste molens, waarbij het scheprad was vervangen door dit overigens verder weinig toegepaste wateropvoerwerktuig, heeft waarschijnlijk plaats gevonden in de jaren tussen 1830 en 1840.

In 1878 werden De Poelmolen en De Jispermolen afgebroken, waarna op de plaats van de eerste een stoomvijzelgemaal werd gebouwd.
De tussen 1864 en 1894 vervijzelde Zuidooster en de in de loop der tijd eveneens vervijzelde Schaalsmeermolen werden in 1926 afgebroken, waarna de laatste werd vervangen door een windmotor.

De Nekkermolen werd al voor 1894 weer verbouwd tot een normale vijzelmolen. Met het vroegere stoomgemaal, dat in 1919 werd geëlektrificeerd en van een pomp voorzien, is hij nog steeds voor de bemaling in gebruik.

De windmolen is welhaast onmisbaar te noemen bij krachtige tot stormachtige winden uit richtingen tussen zuidwest en noordwest. In dat geval waait het polderwater in deze waterrijke polder, als gevolg van zijn vorm en de ligging ten opzichte van genoemde windrichtingen sterk op. De in deze oostpunt van de polder staande Nekkermolen moet dan voorkomen dat een aanzienlijk polderdeel, bestaande uit laaggelegen onderbemalen veenachtig weidegebied, door het opgestuwde water wordt overstroomd.
Niet geheel toevallig was deze molen ook seinmolen, meer specifiek 'noodseingever'. 

In oktober 2022 kreeg deze molen nieuwe roeden. De gelaste Burger-roeden werden na 58 jaar dienst vervangen.

Constructie
Het eiken achtkant staat op twee aan twee evenwijdig geplaatste penanten en is verstijfd met een extra veldkruis per veld. Boventafelement, rolvloer, kuip en kap zijn al eens vernieuwd.
Volgens overlevering zou de vernieuwing van de kap omstreeks 1878 plaats hebben gevonden, nadat de vorige kap, als gevolg van een onverantwoorde bediening van de molen, was afgemalen.