Het oude dorp Nieuwvliet (ter plaatse vaak nog 'Sinte Pier' genoemd) lag aan de Capelleweg in de St. Janspolder ten westen van het huidige dorp. Op 7 december 1619 werd aan Jonker Lambrecht Adournis toegestaan een vrije windmolen ten dienste van de Heerlijckheit van Nieuwvliet op te richten. 
Nadat deze molen in 1644 was omgewaaid, is er fel gestreden tussen de eigenaren van deze molen en die van de houten molen te Groede. Het werd tenslotte aan de eerstgenoemden toegestaan, een molen te bouwen dichter bij het nieuwe dorp Nieuwvliet (de kerk was er in 1659 gesticht) nabij de St. Bavodijk in de Groote St. Annapolder; de locatie van de huidige molen. Eigenaren waren Lieven Stevens, landbouwer te Cadzand en Jan van Varnewijck Sr., schout te Eecloo. Molenaar was Joris Haack. In 1664 kwam de molen in bedrijf. In 1747 staat Cornelis Visser als molenaar vermeld.

De tegenwoordige stenen grondzeiler, die de hierboven beschreven oude molen verving, werd in 1850 gebouwd voor Charel Cappon. De molen staat op een berg van ongeveer twee meter hoogte en is tot 1954 in gebruik geweest.
In 1958/1959 werd de molen geheel leeggehaald en in het tegenoverliggende pakhuis een maalderij ingericht met een 25 pk elektromotor, twee koppel 16der maalstenen en een haverpletter. In 1965 werd dit bedrijf opgeheven.

Vanaf 1959 diende de molen, onvrijwillig, als vakantieverblijf en spoedig kwam het verval: het buitenwerk werd verwaarloosd en de stenen romp hier en daar erg slecht.
Om een restauratie te bespoedigen, vroeg in de jaren '70 toenmalig eigenaar Michielsen een sloopvergunning aan en... kreeg deze!

Zover kwam het niet: in 1979/80 volgde een volledige restauratie door molenmakerij Sint Victor (Jan Wilten). Het maalwerk moest grotendeels nieuw worden gemaakt. Op 17 mei 1980 werd de molen officieel in gebruik genomen. Eén koppel stenen is geheel bedrijfsklaar; het tweede koppel is wel aanwezig, maar mist nog enige onderdelen.

Tot april 2017 was de molen veelvuldig draaiend te zien. Toen volgde stilstand vanwege de inmiddels ontstane problemen rond de gedeelde roeden (die hier in 2013 waren gestoken). Nieuwe roeden lieten vervolgens op zich wachten en toen is men, steeds op matige snelheid, met de gedeelde roeden blijven draaien.

In de zomer van 2019 werd duidelijk dat het werk aan deze molen niet beperkt kon blijven tot andere roeden: ook de stenen romp zou moeten worden aangepakt, evenals de staart. Ook was niet duidelijk of in dat geval de kap er tijdelijk af zou moeten. De inmiddels geleverde nieuwe - ongedeelde - roeden bleven in opslag elders in het dorp.

Op 15 juli 2020 startte men dan met de restauratie: de gedeelde roeden gingen eruit, staartbalk en schoren werden verwijderd en toen bleek ook, dat de staat van het metselwerk tegenviel: er waren ruim 20.000 nieuwe stenen nodig.
De kap bleef erop: de schaliënbedekking werd vernieuwd. De bekende staartbalk hier, want gemaakt uit een oude ronde scheepsmast, bleek helaas uitgediend: een gedeelte was te slecht om opnieuw te kunnen worden gebruikt. Men heeft toen een nieuwe ronde balk in de stijl van de oude gemaakt. 
Op 1 april 2021 werden de nieuwe roeden (die dus al geruime tijd hadden klaargelegen) gestoken. Vervolgens heeft men deze molen opnieuw opgehekt en kon in de zomer van dat jaar gesproken worden van een voltooid project.