Deze molen dateert in beginsel niet uit 1763, zoals altijd werd verondersteld, maar is ouder: tussen 1704 en 1717 moet dichtbij waar de molen tegenwoordig staat, al een molen gebouwd zijn. Het jaartal '1763' is waarschijnlijk het gevolg van een eerste grote verbouwing: de in 1762 door de echtelieden Jurrien Balles en Antje Gerbrands geïnitieerde verplaatsing. Balles was al sinds 1738 eigenaar en liet in 1763 de molen over betrekkelijk korte afstand verplaatsen. 
Latere eigenaren waren Jan Joesten, G. Eikema en vanaf 1855 tot 1960 diverse generaties Edens. In 1960 werd de gemeente Winschoten eigenaar voor ƒ 7051,--.

In 1870 werd de molen op een heel merkwaardige manier verhoogd: het houten achtkant bleef staan en werd aan de bovenzijde verlengd. Ondertussen werd het metselwerk verhoogd, en veldkruisen en korbelen verwijderd, zodat de achtkantstijlen met de houtverbindingen van de legeringsbalken deels in het metselwerk werden opgenomen. De verlenging aan de bovenzijde was nagenoeg vertikaal, vandaar de slanke "flessenhals". De stelling ligt als gevolg van deze verbouwing tussen twee zolders in.

Laat in de 20ste eeuw kreeg de molen grote problemen met de stabiliteit, deels nog een gevolg van de verbouwing van 1870: de toen deels door de verhoogde stenen onderbouw opgesloten achtkantstijlen bleken inmiddels sterk ingerot. De molen kreeg daarom een draaiverbod, dat geruime tijd zou gaan duren. 
Om dat laatste te benadrukken timmerde men de tussenzoomlatten vervolgens op de voorkant van de hekkens, ofwel: deze molen mag geen zeil meer voeren! 

In 1985 volgde een ingrijpende restauratie waarbij veel werk aan de deels houten, deels stenen onderbouw moest worden gedaan; daarbij vernieuwde men ook kap en gevlucht. Tot die tijd was een Van Bussel-achtig systeem aanwezig, dat grotendeels in hout was uitgevoerd. De restauratie werd uitgevoerd door Roemeling en Molema te Scheemda voor een bedrag van ƒ 300.000,--.
In 2006/2007 is de molen wederom verhoogd, ditmaal vanwege de bouw van appartementen in de directe omgeving: de gehele molen, dus met onderbouw en al, werd drie meter opgevijzeld en daarna verder ondermetseld.

In februari 2023 heeft men beide roeden afgekeurd. Deze molen is aldus de zoveelste die moet stilstaan vanwege dit technische probleem.

De molen is in het verleden dus zeer intensief gebruikt en niet alleen verplaatst en verhoogd, maar ook wat de inrichting betreft vaak gewijzigd. Oorspronkelijk alleen een pelmolen werd dit ná 1855 (opheffing van de belasting op het gemaal!) een korenmolen.
In 1880 werd een meelfabriekje met - toentertijd - een stoommachine aangebouwd. Omstreeks 1977 werd dit, tezamen met een groot graanpakhuis, helaas afgebroken. Jammer, want dit was een zeer interessant voorbeeld van industriële geschiedenis. 

Door alle verbouwingen kent de constructie enige merkwaardigheden: de vloer van de huidige steenzolder ligt op halve hoogte van de stellingdeuren. De kuipdeksels van het westelijke koppel stenen liggen gelijk met de zoldervloer, waarin de schudschoe is uitgespaard. Dat maakt het lastig om de loper zonder steenkraan open te leggen! Verder kan het opgeveegde (of opgewaaide) stof per ongeluk zó van de vloer in het kropgat vallen! (Alleen het noordwestelijke koppel maalstenen ligt normaal op de steenzolder).

Een opmerkelijk (en weinig bekend) historisch feit: tot in de Tweede Wereldoorlog had Winschoten, na Amsterdam, percentueel gezien de grootste Joodse gemeenschap van Nederland. Op deze molen werd vroeger, in overeenstemming met de koosjere spijswetten, veel gemalen onder toezicht van het Joodse rabbinaat. Onnodig te zeggen dat dit helaas verleden tijd is.... 

Zeldzaam voor de provincie Groningen: deze molen heeft, net als 'De Liefde' in Uithuizen, geen bovenbonkelaar, maar een schijfloop.

Tot slot: de molenaarswoning uit 1774 heeft alle verbouwingen en verhogingen van Molen Edens overleefd en staat er nog steeds.