Deze molen is opvolger van een in 1847 afgebrande voorganger. De resten daarvan werden door de weduwe Ten Dam-Weernink verkocht aan B.W. Blijdenstein, die tegenover de plaats waar de oude molen had gestaan aan de Lonneker Molenweg een stenen beltmolen liet bouwen. In 1851 werd deze nieuwe molen in gebruik genomen.

Vanaf de bouw in 1851 moet de molen problemen hebben gehad wat betreft vochtdoorslag: daarom had men reeds in 1865 de stenen romp van een extra rietdek voorzien. In 1964 werd deze merkwaardige constructie verwijderd; in 1995 werd deze wederom aangebracht. Blijkbaar was het vochtprobleem nog allerminst opgelost. 

Zeer opvallend en merkwaardig is, dat deze molen ook als verfmolen heeft gediend! In 1854 werd voor het eerst bericht over 'een verfhoutstoomwerktuig van 14 paardenkracht', die bovendien was voorzien van een stoommachine. Het is onduidelijk hoe lang de Lonneker Molen als verfhoutmolen dienst heeft gedaan. In 1865 werd hij nog met de benaming 'stoom-verfhoutmolen' aangeduid. Evenwel moet worden aangenomen dat in de molen in diezelfde tijd ook (op windkracht) graan werd vermalen.

Bij de roemruchte stormramp van 10 augustus 1925, die vooral in Borculo grote schade aanrichtte, werd ook deze molen beschadigd. De kap schoof gedeeltelijk van de romp maar bleef hangen. De molen werd hersteld en was in november 1925 weer maalvaardig.
Het moet een zware slag zijn geweest voor de familie Blijdenstein, op dat moment voor het eerst sinds jaren weer eigenaar: men had eerder in 1925 fors in de molen geïnvesteerd en onder meer zelfzwichting op beide roeden laten aanbrengen.

In 1964 verdween de zelfzwichting die deze molen dus sinds 1925 had. Na deze restauratie draaide de molen niet; dat gebeurde pas weer in 1985, nadat men een flinke opknapbeurt had uitgevoerd. 

Ook in 1925 was al duidelijk dat de omgeving om goed te kunnen malen bepaald niet ideaal was: op heel veel plaatsen was er rond de molen begroeiing. Dat is er in de loop der jaren alleen maar slechter op geworden. Maar ondanks die slechte omgeving wordt de molen regelmatig in werking gesteld, waarbij ook wel wordt gemalen.

In de nacht van 12 op 13 februari 2016 raakte de molen door brand behoorlijk beschadigd. Door de bijzondere constructie van een extra rietlaag om de stenen romp heen, bleef de schade beperkt tot die rietlaag zelf (die door de brandweer tijdens de brand deels werd verwijderd). Algehele verwoesting van de molen is in ieder geval voorkomen.
Kort na de brand werd duidelijk dat de schade aan molen en maalwerk niet onoverkomelijk was. De voor zaterdag 13 februari geplande feestelijke overdracht in erfpacht van de gemeente Enschede aan de Stichting Erfgoed Lonneker werd vanwege de brand uitgesteld en vond daarom plaats op 9 april. In diezelfde periode was al begonnen met herstel van het bijzondere rietdek. Al met al was deze molen betrekkelijk kort na de brand alweer maalvaardig.

In de zomer van 2020 begon een zeer ingrijpende klus: meest opvallend was het deels afgraven van de molenbelt, om een vochtwerende laag aan te kunnen brengen. Ook heeft men in de molen diverse balken herzien (aangegoten met kunsthars). Kort daarna was de molen weer maalvaardig.