Het waarschijnlijk al rond het jaar 1200 ontgonnen en in cultuur gebrachte Loener Veen, was door inklinking in 1652 zover gedaald, dat natuurlijke lozing op de Vecht niet meer mogelijk was en het gebied grotendeels moeras was geworden.
Amsterdamse kooplieden kochten deze waardeloze gronden op en lieten in 1653 een forse schepradmolen, een binnenkruier, bouwen waarmee zij eerst het moeras droog lieten malen en vervolgens de weer waardevol geworden landbouwgronden verkochten.

In 1902 vond er een groot werk aan de molen plaats: de kap met wiekenkruis en gangwerk werd verwijderd en het achtkant met riet en al zo'n 30 meter verrold, waarna de fundering en achtkantsmuren in metselwerk compleet vernieuwd werden. Dit alles werd zeer degelijk en uit een ruime beurs verricht.

In 1930 werd de waterhuishouding van Loenerveen (met daarbij de molen) door de gemeente Amsterdam voor de winning van drinkwater overgenomen.
Het onderhoud aan de molen werd door de nieuwe eigenaar goed verzorgd, maar de molen zelf werd niet op echt deskundige wijze bemalen. Zo stonden bijvoorbeeld onderwiel en -schijfloop veel te strak in elkaar, waardoor de molen onnodig zwaar liep. Nadat Jan den Besten zich met deze molen ging bemoeien, werd het allengs beter. 

In de loop van de jaren '70 werd hier, onder invloed van vrijwillig molenaarschap, zeer geregeld op vrijwillige basis gedraaid en ook gemalen. Begin 1990 kwam de molen in bezit van de Stichting De Utrechtse Molens.

Eind 2021 heeft men deze molen, net als vele andere van de SDUM, preventief stilgezet: onderzoek naar de kwaliteit van de roeden had problemen aangetoond. Buitengewoon vervelende consequentie van dit besluit (nieuwe roeden voor 17 molens zijn niet zomaar even gemaakt!) is dat een 'lijstje' moest worden opgesteld met molens die vroeger en later aan de beurt zouden komen voor andere roeden. Voor de Loenderveense heel nadelig, want deze komt als laatste van alle 17 in aanmerking, niet eerder dan ergens in 2025.