Al voor 1575 stond op deze plaats een windkorenmolen, die op 27 mei van dat jaar door terugtrekkende Spaanse soldaten in brand werd gestoken. Pas na 20 jaar werd er een nieuwe molen, vermoedelijk een standerdmolen, gebouwd die in 1771 werd vervangen door de huidige molen.

Aanvankelijk werd de korenmolen te Schoorl verhuurd en was hij voor 5/6 deel eigendom van Schoorl en voor 1/6 deel van Groet. Vanwege de slechte financiële toestand van de gemeente moest in 1868 verkoping plaatsvinden, waardoor de molen voor ƒ 3619,-- eigendom werd van Dirk Duin. Deze bemaalde de molen tot hij in 1935 tachtig jaar werd, waarna de gemeente de molen terugkocht om hem als monument te kunnen behouden.

In de oorlogsjaren is door Dirk Duin jr. nog enige jaren voor de maalderij van de gebr. Bos te Koedijk gemalen. In 1944 moest dit worden stopgezet, omdat de molen in het 'Sperrgebiet' van de Duitse bezetter lag. Kort na de bevrijding is er ongeveer een jaar weer gemalen.

In 1961 en 1968 werden kleine restauraties uitgevoerd, waarna de molen vanaf 1973 weer regelmatig in werking werd gesteld: het was de tijd van vrijwillige molenaars geworden.
Op 16 januari 1974 brak de houten binnenroede als gevolg van storm. Een nieuwe metalen roede werd net voor Nationale Molendag 1975 gestoken. Voor het zover was moest de gemeente in discussie met de verzekeraar.

Door de enorme inzet én onder de bevlogen leiding van Tom Bos transformeerde de "Kijkduin" tussen 1976 en 2012 van een "romp met wieken" in een maalvaardige molen met twee koppel stenen en een molenwinkel. Veel Noord-Hollandse molenaars kregen hier hun opleiding, een traditie die door de huidige molenaars wordt voortgezet. Nadat Tom Bos zijn werkzaamheden had  beëindigd, verenigden zijn opvolgers zich in de Stichting Korenmolen Kijkduin.

In 2013 is de gehele romp opnieuw gevoegd en zijn de in de romp aanwezige holle ruimtes opgespoord en -gevuld. Verder zijn bijna alle balkkoppen aangeheeld met epoxy en is een gedeelte van de houten vloer van de steenzolder (halfzolder) vervangen. Ook heeft men veel aandacht besteed aan de veiligheid: alle trappen werden van leuningen voorzien en op de luizolder een hekwerk rond de koningsspil geplaatst. De korte spruit is aangeheeld met epoxy, en zijn er nog diverse kleinere herstelwerkzaamheden uitgevoerd.

Constructie
De Kijkduin heeft een ronde stenen romp met twee grenen balklagen Het muurwerk begint op ca. 1,8 m. onder het niveau van de molenwerf en staat op de ter plaatse aanwezige zandgrond. Dit niveau komt ongeveer overeen met het niveau van de weg en het omliggende terrein, zodat het waarschijnlijk is dat de molenberg pas bij de bouw van de romp rond de molen is opgeworpen.
In 1978 is teneinde meer bergruimte te verkrijgen de ruimte onder de maalstoel en begane grondvloer dieper uitgegraven. Bij deze gelegenheid zijn geen sporen van een vroegere molen gevonden hetgeen genoemde veronderstelling versterkt.

Het bovenwiel dateert ongetwijfeld van 1662 en is waarschijnlijk afkomstig uit de afgebroken voorganger.