De molen is voor molenaar E.W. Havekes gebouwd als opvolger van een halfgesloten standerdmolen. In 1919 werd de molen verkocht aan A.F. Fakkert.

Pas in 1938 kreeg de molen voor het eerst een gietijzeren as, afkomstig van de dat jaar gesloopte Oude Molen te Den Ham (Ov.). Ook de roeden zijn van deze molen afkomstig. Vermoedelijk heeft molenmaker Ten Have bij die gelegenheid de molen meteen gestroomlijnd.
Later liet eigenaar Fakkert het gaande werk deels slopen en de molen volbouwen met silo's. Er werd toen alleen nog maar elektrisch gemalen. Door deze stilstand verviel de molen snel. In 1970 werd de stelling verwijderd, kennelijk was die bouwvallig geworden.

De molen werd in 1975 maalvaardig gerestaureerd, er werd daarna ook weer gedraaid, maar toch volgde in 1982 opnieuw stilstand.
In 1983 werd de stichting Behoud Havekes Mölle opgericht om de molen weer geregeld in werking te houden. Rond 2004 werd een tweede koppel stenen geplaatst en vervolgens maalvaardig gemaakt.
Op de molen wordt graan gemalen voor zowel veevoer als voor menselijke consumptie.