Het ambacht Oudshoorn werd omstreeks het begin van de dertiende eeuw door het graven van de Heimanswetering in twee gedeelten gesplitst, een oostelijk en een westelijk deel.
Het kleinere westelijk deel dat later de naam Gnephouck kreeg, moest toen zelfstandig voor zijn waterhuishouding zorgdragen, en dat vond al vroeg plaats.

Bekend is dat de Gnephoekpolder in 1442 bestond. Uit rond 1450 dateert de eerste vermelding van een watermolen, uitslaand naar het zuiden op de Oude Rijn. Dit was vermoedelijke de oudste molen van de streek. In 1501 werd de molen vernield door noodweer.

1501: De vervangende molen werd in 1501 een stukje noordelijker herbouwd, halverwege de molenwetering, en sloeg uit op de Heimanswetering. 

1756:  De Dijkgraaf en Hoogheemraden van Rijnland gaven toestemming voor het uitvenen van de Polder Vrouwgeest en het noordelijk deel van de Gnephoek. Daartoe werden de polders tijdelijk gemeengelegd, het Molentge in Vrouwgeestpolder (Tenbruggencatenummer 08084) nam de bemaling voor zijn rekening.

In 1813 waren de uitvening en de drooglegging voltooid en werden de polders weer gescheiden. Het noordelijk deel van de Gnephoek bleef echter bij de Polder Vrouwgeest horen.

In 1847 werd de wipmolen gesloopt en vervangen door een schepradmolen 80 m bewesten de hoek van de Molenwetering en de Heimanswetering. De bouwers waren Adrianus Vermeulen uit Koudekerk, en Johannes Oudshoorn uit Warmond, beide timmerman en molenmaker, voor ƒ 9999.

1926: Deze molen werd in 1926 onttakeld en gedeeltelijk afgebroken. De taak van de voormalige molen werd een tijd lang overgenomen door een "Agricco-Werkspoor windmotor" met vijzel. 

In 1933 ging men voor de bemaling van de polder van 219 ha over op dieselbemaling omdat men toch niet tevreden was met de windmotor. De originele Humboldt Deutz ééncilinder ruw-olie-dieselmotor van 24 pk en de vijzel bleven tot 1983 in gebruik, beide zijn nog in de molenstomp aanwezig.

In 1984 nam de gemeente de stomp over van het waterschap vanwege geluidshinder voor de bewoners van het nabijgelegen industrieterrein, maar hij wordt nog steeds bewoond.

Bronnen:
- "Middeleeuwse watermolens in Hollands polderland", A. Bicker Caarten, 1990.
- "De Viersprong", molenbijlage bij nr. 51, 1997, Historische Vereniging Alphen aan den Rijn.
- "De molen(s) van de Gnephoek", artikel door P. Leeflang. Beide met dank aan H. van der Kaay.