Het exacte bouwjaar van de molen staat niet vast. Wél wordt hier in 1403 al een molen genoemd, als de goederen van de Hof van Callenbroeck met de bezittingen van de Commanderij van St. Jansdal of 's Heeren-Loo te Harderwijk worden verenigd. Uit een oorkonde van 1383 blijkt, dat er toen ook op de Hof van Callenbroeck een Commanderij van St. Jan gevestigd was. De Callenbroecker molen werd door 's-Heeren-Loo verpacht. Toen na de Reformatie de Gedeputeerden van het Kwartier van Veluwe het beheer over de geestelijke goederen gingen voeren, is dit bestendigd.

Bij de massale verkoop van geestelijk goed op de Veluwe in 1735, werd ook de 'Callenbroeker Koorn-windmolen' door Gedeputeerden verkocht. Op 29 maart 1735 werd de molen voor 2410 gulden gemijnd door de pachter, Hermen Gerritsen Keyser. Het transport van de akte vond plaats op 28 januari 1736. Sindsdien behoorde de molen aan particulieren. De enige last, die op het bezit van de molen rustte was, naast de verponding, een uitgang van 4 schepel rogge (Arnhemse maat) aan de pastorie van Barneveld.

De molen was tot 1753 in handen van Rijkje Lammerts, weduwe van Herman Gerritsen Keyser. Daarna waren achtereenvolgens de eigenaren:
Jacob Nienhuis (1753-1759)
Gerritje Hovekes
zijn weduwe en erven (1759-1765)
Cornelis van Dompselaar (1765-1768)
Gijsbert Wilbrink (1768-1807)
Petrus Wilbrink (1808-1853)
H. Wilbrink (1853-1872)
L. Wilbrink (1872-1885)
E.F. Mulder (1885-1924)
Firma E.F. Mulder & Zn. (1924-1952)
Mulder B.V. (1952 - 2008)
Stewardship Real Estate (2008 - heden). Het dagelijks beheer en onderhoud is daarbij in handen van de Stichting Den OIden Florus.

De molen is in 1965 en 1980 op initiatief van Florus Mulder gerestaureerd. In 1965 werd de kast vrijwel geheel vernieuwd; deze verkeerde toen in erbarmelijke staat en stond min of meer op instorten. 
Wat in 1965 gehandhaafd bleef waren standerd, steenbalk en bovenas. In 1980 bleek het alsnog noodzakelijk, deze zeer relevante constructiedelen te vernieuwen. Bij die gelegenheid heeft men ook ondertoren én kap met riet gedekt. Bij de ondertoren was dat juist, bij de kap niet: die was voordien gepotdekseld. 
Voorafgaand aan de ingrijpende restauratie van 1980 zijn door leden van de plaatselijke heemkundekring alle inscripties van de toen vervangen onderdelen gedocumenteerd; een lofwaardig initiatief (dat ook bij andere molens navolging verdient).

De huidige molenaars begonnen met de bouw van een molenaarsverblijf bij de molen, iets wat onder de nieuwe eigenaar is voltooid. Bij de molen is tevens een schuur blijven staan, die tegenwoordig gebruikt wordt voor opslag en waarin inmiddels twee motorkoppels, aanvullend op de molen, in bedrijf zijn.

Nog een paar interessante details: 
de standerd is ooit open geweest: één van de kruisplaten is, met de bijbehorende (dubbele) steekbanden, nog altijd voorzien van een laag teer. De andere kruisplaat en steekbanden zijn kaal en moeten dus dateren van na de ommuring en overkapping. Dat overkappen moet al zeer lang geleden gebeurd zijn; er zijn geen afbeeldingen bekend van de 'open' situatie.
Bijzonder aardig is ook de glijplank onder de trap: daarmee kunnen de zakken meel snel naar beneden worden 'afgeschoten'.