De Windotter is gebouwd als stenen walmolen in 1732 op last van de heer van IJsselstein, het was een dwangmolen ofwel: de boeren waren verplicht daar hun graan te laten malen. Tevens werd er met het maalloon belasting geheven. Door de molen op de zuidwestzijde van de omwalling rond de stad te bouwen, was een goede windvang gewaarborgd.

Na verschillende pachters te hebben gehad werd de molen in 1812 openbaar verkocht en was sindsdien in particuliere handen. In 1881 werd in een bijgebouw een stoommachine geplaatst, om ook bij windstil weer te kunnen malen.
De laatste molenaar, B. van Woerden, verkocht in 1918 de toen al vervallen molen, waarna sloop van wiekenkruis, kap, stelling en gaandewerk volgden. Tijdens dit werk maakte één van de slopers een dodelijke val.
Vervolgens diende de onttakelde stenen romp tot 1978 als woning en opslag van brandstoffen voor het bedrijf van de familie Van Ek.

In 1984 kocht de gemeente IJsselstein het restant aan en enige tijd later kwam de romp in handen van een speciaal voor de molen opgerichte stichting. Rehabilitatie tot maalvaardige windkorenmolen volgde vrij snel: de grote reconstructie kwam in 1987 gereed. Voor deze molen betekende dat uiteraard: nieuwe kap, roeden, stelling en een geheel nieuw gaandewerk. 
Opmerkelijk is hierbij dat diverse balken en ook enkele trappen en binnendeuren nog dateerden van vóór de onttakeling van 1918 en dit alles dus hebben overleefd. Er waren nog voldoende bouwsporen aanwezig om aanwijzingen te geven waar zich steenspillen e.d. hadden bevonden en (dus) ook over de grootte van diverse wielen. 

De molen is nu in exploitatie bij de Stichting 's-Heren Korenmolen te IJsselstein en maalt graan voor diverse ambachtelijke bakkers in het zuidwesten van de provincie Utrecht.