Op 22 oktober 1879 werd de nieuw gebouwde stenen stellingkorenmolen De Vlijt door Jan Hulshuizen als loonmaalbedrijf in gebruik genomen. Er werd vooral rogge (voor brood) en gerst en haver (voor het vee) gemalen. In de loop der jaren nam broer Hendrik de molen over.
In 1915 overleed Hendrik Hulshuizen en kwam de molen in bezit van de Haarlemmer Gerrit van Rijn. Wegens zijn zwakke gezondheid deed hij De Vlijt in 1924 over aan Chris van Veen uit Harskamp. In die tijd nam het aanbod van maalwerk af en moest Van Veen zijn inkomsten aanvullen met de verkoop van stro en kunstmest, maar dankzij een familierelatie met een veevoederbedrijf kon de molen blijven malen.

Fysiek zat het de molen ook niet altijd mee: in 1933 brak tijdens een onweersbui de houten buitenroede af, daarna is deze vervangen door een tweedehands ijzeren exemplaar. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd de molen door granaatvuur getroffen waardoor kap en roeden werden beschadigd.
Niet onlogisch dacht men er anno 1946 ernstig over, de molen te slopen. De nieuwe eigenaar, Wouter van Veldhuisen, liep althans met dergelijke plannen rond. Maar dankzij Max van Hoffen uit Bennekom veranderden de sloopplannen in 1951/1952 in herstelwerkzaamheden: in februari 1952 was de molen weer maalvaardig.

Na het overlijden van Van Veldhuisen (1966) ging het met De Vlijt opnieuw bergafwaarts: toen in 1972 de gemeente Wageningen eigenaar werd, stond de molen al geruime tijd zonder roeden en stelling.

Een grondige restauratie, grotendeels  uitgevoerd in 1978, maakte een einde aan een lange periode van verval maar er gebeurde meer: de molen werd niet alleen maalvaardig maar kwam daadwerkelijk weer in bedrijf, met Hans Dobbe als beroepsmolenaar.

De jaren gingen voorbij en er kwam behoefte aan vernieuwing: in 1985 ging de oude houten bovenas met gietijzeren kop eruit en kreeg De Vlijt een geheel nieuw gegoten ijzeren as. Ook werd toen het Oud-Hollandse tuig vervangen door fokken met remkleppen (de oude insteekkop ging naar de toen in aanbouw zijnde standerdmolen 'Het Vliegend Hert' te Brielle). 

Na 32 jaar door Hans Dobbe te zijn geëxploiteerd, nam Bart Mols per 1 januari 2012 het bedrijf over. 
De molen bleef steeds in gebruik, onderdeel van een goed lopende onderneming, maar in het late voorjaar van 2023 werd duidelijk dat beide roeden aan vervanging toe waren. Men maalde door op de motor en, in afwachting van nieuwe roeden, werden in september 2023 de oude roeden kaalgezet. 

Nadat op 12 november beide roeden uit de askop waren getakeld, stak men op 19 november een nieuwe binnenroede; luttele dagen later werd die voorzien van een Ten Haveklep. Hiermee werd al snel proefgedraaid en later ook gemalen. De nieuwe buitenroede moet nog gestoken worden.