Ter plaatse van de huidige molen, die vroeger eigendom was van ambachtsheer Cornelis de Pere, stond vóór 1725 een standerdmolen. De huidige molen werd in 1725 op de vier teerlingen van die standerdmolen gebouwd, dit vrijwel zonder fundering (de verbreding rond de voet werd pas rond 1980 aangebracht).

Molenaar/eigenaar van De Pere waren:
Cornelis van de Perre, ambachtsheer van Souburg (1725 – 1746)
Adriaan Steengracht de Souburg, kleinzoon van voornoemde ambachtsheer (1746 - 1768)
Gerard Ramond, de eerste eigenaar die de molen zelf bemaalde (1768 - 1783)
Daniël Luijx (1783 - 1789:)
Cornelis Minderhoud (1789 - 1805)
M. Hamelink (1830 - 1838)
C. Roelse (1838 - 1840)
P. Verhage (1871 - 1876)
Jac. Passenier (1876 - 1885)
C.W. Cysouw (1885 - 1900)
Arie Maasdam (1900 - 1926)
Annigje Maasdam - van der Linde (1926 - 1937)
Cees Kasse (1937 - 1982)
Gemeente Vlissingen (1982 - heden).

In 1900 kocht de uit Numansdorp afkomstige (en net getrouwde) Arie Maasdam de molen van molenaar Cysouw. Hij was al kort daarna gedwongen, fors te investeren, want op 12 november 1901 brak de bovenas. Hiermee ging ook het wiekenkruis verloren. Naar verluidt was de bovenas nog een houten exemplaar.
Maasdam liet het er bepaald niet bij zitten: reeds drie dagen na de breuk ontving de fa. Pot te Kinderdijk de bestelling voor een nieuwe binnenroede! De andere roede, met het (vreemd lage) nummer 204, werd door Pot gerepareerd. Bij Penn & Bauduin te Dordrecht werd een nieuwe bovenas besteld.
Aan te nemen is, dat de molen al vroeg in 1902 weer geheel maalvaardig was. Overigens was er naast de molen in een apart gebouw al een stoommachine aanwezig, waarmee zo nodig ook een koppel stenen aangedreven kon worden. Maar blijkbaar was Maasdam toch een echte windmolenaar. 

In 1926 overleed Arie Maasdam, slechts 52 jaar oud. Zijn weduwe zette met haar zoon Jan het bedrijf tot 1937 voort; toen werden molen en zaak verkocht aan molenaar Kasse.
Tot 1966 werd regelmatig gemalen met drie koppel stenen. Daarna volgde een ombouw tot maalderij (waartoe een flink deel van het gaandewerk werd verwijderd). 

In 1983 kocht de gemeente Vlissingen de molen, waarna in 1987 een uitgebreide restauratie volgde. Hierbij kreeg de molen weer een spoorwiel en twee koppel stenen. Zo ontstond een ambachtelijke maalderij met als drijvende kracht Krijn 'Krien' Zandburg, schoonzoon van Cees Kasse maar bovenal: windmolenaar.

Anno 2018 draaide de molen nog geregeld maar er werd nog maar beperkt gemalen. In 2019 werd bij een controle vastgesteld dat beide roeden in een te slechte staat verkeerden om nog te kunnen draaien. Stilzetting volgde dan ook.
Op 7 december 2020 werden beide roeden verwijderd en doorgeslepen, om vervolgens in delen naar de werkplaats van Vaags in Aalten te worden vervoerd. Daar werd de constructie en de bediening van de remkleppen e.d. zoveel mogelijk gekopieerd. Op 31 mei 2021 stak men twee nieuwe roeden.