Eén van de eerste aanwijzingen voor een korenmolen te Oterleek dateert van 1633. In dat jaar werd aan Claes Gerritszoon vergunning verleend om in plaats van een klein watermolentje een korenmolentje te mogen zetten in het noordeind van Oterleek. Daar stond een molen die waarschijnlijk het zuidelijk deel van de polder Oterleek bemaalde op de Heerhugowaard. Door de droogmaking van het meer veranderde de waterstaatkundige situatie, waardoor de molen zijn bemalingsfunctie verloor.
Mogelijk is hij daarna door Claes Gerritszoon tot korenmolen verbouwd. Omstreeks 1646 zal op de huidige plaats een korenmolen zijn gebouwd. Op 30 maart 1646 werd daarvoor een windbrief gegeven aan Jan Wyerse te Ursem.
Op een in 1680 uitgegeven kaart staat op deze plaats een korenmolen aangegeven. In 1831 stond hier een achtkante, met riet gedekte molen met een vlucht van 82 voet en twee koppel stenen.

Het zal deze molen zijn geweest die op 2 december 1899 afbrandde. In 'De Molenaar' staat naar aanleiding hiervan de volgende advertentie: "wegens gevorderden leeftijd van den eigenaar en gemis van een opvolger, het huis, erf en molenerf aan het vaarwater te OTERLEEK bij ALKMAAR, op welk erf de op 2 december 1899 verbrande korenmolen "de Otter" welke een flink bestaan heeft opgeleverd, heeft gestaan, met de overblijfselen van den molen en de verordening wegens brandschade ten laste van de Brandwaarborgmaatschappij onder verplichting om de molen op te bouwen. Te bevragen bij den heer P. KALIS te OTERLEEK, bij wien nadere inlichtingen te bekomen zijn."

In 1900 werd door Jan Levendig, timmerman en molenmaker te Dirkshorn, op deze plaats een nieuwe molen gebouwd. Hij kocht op 21 september van dat jaar van Pieter Kalis het erfpachtrecht van de molenwerf ten behoeve van zijn zoon Pieter Levendig, toen molenaar te Oterleek, maar daarvoor te Dirkshorn. In 1919 ging de molen in eigendom over naar ene Gardenbroek die afkomstig was van een graanmaalderij te Apeldoorn. De molen die op zeker moment van een hulpmotor werd voorzien bleef tot 1963 als windmaalwerktuig in bedrijf.
Nadat het maalbedrijf was beëindigd werd de molen verkocht aan de gemeente Oterleek, die hem op haar beurt in 1974 overdroeg aan de Stichting De Schermer Molens. De molen draaide ondertussen af en toe. 

In 1988 is de molen gerestaureerd, de Potroeden opgeknapt en de molen voorzien van nieuw riet. Vrijwillig molenaar Piet Koger, die zelf de roeden ophekte, heeft daarna ook de maalstoel vernieuwd zodat de molen met één koppel stenen weer kon malen.
Daar bleef het niet bij: Piet Koger ging daadwerkelijk malen en had, bijgestaan door zijn vrouw, vrij snel een klantenkring opgebouwd zodat reeds in 1990 een ton graan per week werd vermalen. Zijn bedrijf "De Otter" bleef tot 2005 bestaan.
Kort daarna is de bouwvallige schuur gesloopt en verrees een nieuwe schuur met daarin vanaf 2008 een bakkerij en een winkel, dit alles gerund door de Raphaelstichting (dit SW-bedrijf, primair gericht op personen met een afstand tot de arbeidsmarkt). 

Op 13 oktober 2016 werden beide roeden gestreken om daarna grondig te worden hersteld. 18 april 2017 zijn zij weer gestoken. Op 12 mei is de molen feestelijk in gebruik genomen, de vang werd gelicht door Commissaris des Konings J.W. Remkes. 

Zomer 2021 is de molen geheel geschilderd. Hierbij is de grijze kleur van de windborden komen te vervallen en is gekozen voor donkergroen. Tevens zijn de korte schoren en vangstok bij deze gelegenheid vervangen.

Constructie
Bij de herbouw van 1899 is grotendeels gebruik gemaakt van onderdelen die van elders afkomstig waren. Het achtkant is gemaakt van tamelijk ruw bewerkt eikenhout. Aan de plaats van vroegere houtverbindingen is duidelijk te zien dat het achtkant voorheen wijder is geweest: de onderste bintlaag is verplaatst en de gehele constructie van nieuwe veldkruisen en regels voorzien. Vermoedelijk is ook het boventafelement bij die gelegenheid vernieuwd. Aan de beide voeghouten van de kap zijn sporen van een vroegere hangelier te zien, zodat mag worden aangenomen dat ze ooit een binnenkruier hebben gediend.
Het wiekenkruis bestaat uit twee ingekorte ijzeren roeden. De binnenroe is in 1894 gemaakt voor rekening van C. Coppens te Chaam. Bovenwiel en bonkelaar zijn ongetwijfeld van Zaanse herkomst, evenals waarschijnlijk de bovenas.

Bij de restauratie van 1961 is onder andere de koningspil vernieuwd en zijn spoorwiel en beide steenschijven vervangen door de huidige wielen, afkomstig van de in 1958 afgebroken korenmolen te Vragender. Dat dit gaandewerk van Gelderland naar Noord-Holland verhuisde, heeft ongetwijfeld te maken gehad met de - uitstekende - contacten tussen de molenaarsfamilies Berkhout te Oudorp en Gunnewick te Vragender. 
Op de begane grond liggen op een maalstoel twee koppel stenen. Het noorderkoppel kan zowel op de wind als op de motor malen. Is dat laatste het geval, dan gebeurt dat via een drijfriem op de bolspil.