Het precieze bouwjaar van de eerste watermolen van de Spanbroekerkaag is niet bekend, maar zal kort na de plannen van 1493 zijn geweest. De oudste afbeeldingen zijn te vinden op de gedrukte kaart van Holland van Joost Jansz Beeldsnijder uit 1575 en op een manuscriptkaart van Spanbroek en Opmeer uit 1592.
De geschiedenis van de bemaling hier reikt evenwel veel verder: de infrastructuur bestond al in het begin van de veertiende eeuw. Eind 15de eeuw, 1481, nam Jan van Noordwijk, oom en voogd van de minderjarige heer van Spanbroek, Floris van Noordwijk, maatregelen tegen schade aan dijken en wegen in de Spanbroekerkaag en de directe omgeving. In 1493 maakte de inmiddels meerderjarige Floris een opmerkelijke uitzondering op de schenking aan zijn oom van het vruchtgebruik van de heerlijke rechten Spanbroek. De helft van de tiendopbrengsten van de Spanbroekerkaag zou hij voor zichzelf houden, als daar een watermolen zou worden geplaatst. Naar verwachting zouden de opbrengsten van de Kaaglanden flink dan omhoog gaan.

De huidige molen is een opvolger van de eind 14de eeuw gebouwde molen: inmiddels is duidelijk dat de huidige molen, zoals de inscriptie in het boventafelement al aangeeft, inderdaad uit 1654 is: dendrochronologisch onderzoek (onderzoek naar de leeftijd van het gebruikte hout aan de hand van jaarringen) bewijst dat de eiken waarvan de achtkantstijlen zijn gemaakt, in of kort voor 1653 moeten zijn gekapt.

In 1879 is naast de molen, die vóór 1864 werd vervijzeld, een hulpstoomgemaal met centrifugaalpomp gebouwd. Dit is als zodanig in bedrijf geweest tot in 1959 de stoommachine door een dieselmotor werd vervangen. Onder de woonkamervloer is nog altijd de buitenkrimpmuur van de schepradwatergang te zien.

In 1907 bestelde molenmaker Kriller uit Oude Niedorp bij de fa. Pot een nieuwe binnenroede; later kwam er een tweedehands buitenroede van één van de gesloopte molens van de polder Binnenweg bij Zoetermeer.

In mei 2010 is deze molen stilgezet. De molen dreigt te verzakken als gevolg van problemen met de fundering. Een kleine drie jaar later was de situatie er niet beter op geworden en waren ook de fokken duidelijk in minder goede staat.

In 2014 is begonnen aan ingrijpend herstel, waarvoor ook het metselwerk onder het maaiveld grotendeels moest worden ontgraven. De waterlopen zijn zoveel mogelijk volgens de oude opzet hersteld. In augustus 2015 kon met een geheel vernieuwde vijzel weer worden gemalen.

Met het vertrek van Jan van Schagen en de komst van de nieuwe molenaar/bewoner Arjan Hes, kwam een einde aan de bewoning en bemaling van deze molen door diverse generaties Van Schagen.