Ooit stond in Hoeven een standerdmolen. Deze was al in 1292 bezit van de abdij van St. Bernard. Tot de Franse Tijd waren de bewoners voor het malen van hun granen op deze dwangmolen aangewezen. De vervallen standerdmolen werd in 1930 gesloopt.

In 1815 bouwde de ondernemende Kalmthouter Pieter van Broekhoven in Hoeven een boerderijtje waar hij actief was als timmerman-metselaar en vrachtrijder. Daarnaast begon hij in 1820 met het exploiteren van een rosmolen.
Om de maalcapaciteit uit te breiden kreeg hij in 1826 van de Domeinen een stuk grond ten noorden van zijn boerderijtje in gebruik om een kleine (tweedehands) windmolen neer te zetten.
Zijn zoon Marijn zette in 1844 een nieuwe houten achtkant op een stenen onderbouw, naast dit versleten molentje. Ongetwijfeld is dat laatste kort daarop afgebroken.

De huidige stenen molen met vier zolders ontstond in 1866, nadat Marijns zoon Willem de achtkante bovenbouw verving door een ronde stenen romp. De onderbouw verdween toen geheel onder de nieuw opgeworpen molenbelt met inrijpoort. De houten stijlen werden gebruikt als balken voor de meelzolder. In 1873 verrees er een nieuw en groter molenaarshuis (dat in 1972 afbrandde). 

Het ging de Van Broekbovens voor de wind met hun molenaarsbedrijf, want ze verwierven door de jaren heen een groot deel van de Hoevense Achterhoek in eigendom. Het ging evenwel niet zonder slag of stoot: het tijdschrift "De Grondwet" van 15 januari 1891 meldde: "Gisteren is van den molen van W. van Broekhoven, onder deze gemeente, het kruis, benevens de roeden en de borst, alsmede de doorgaande ijzeren roede gebroken, zodat de bekende Heimolen, tot groot nadeel van den eigenaar, thans geheel moet stilstaan", aldus een krantenbericht van 14 januari 1891. Deze asbreuk heeft blijkbaar niet geleid tot het einde van het windmaalbedrijf, de molen moet zijn hersteld.
Willems nalatenschap werd in 1913 onder zijn tien kinderen verdeeld, waarbij twee zonen, Johannes Petrus en Antonius, het maalbedrijf voortzetten.

Niet duidelijk is vooralsnog, wanneer deze molen onder de familie Van Broekhoven buiten bedrijf kwam. In 1951 werd de al vervallen molen aangekocht door Theodorus Wilhelmus Franken uit Westervoort, die een jaar later de hoogst noodzakelijke herstellingen liet verrichten. Zo kwamen er andere roeden, afkomstig van de in 1951 gesloopte standerdmolen van Oirschot, die meteen werden voorzien van het stroomlijnsysteem Van Bussel.
Tien jaar later was de Heimolen echter opnieuw niet maalvaardig, waarna een grondige, toen ƒ 84.000,-- kostende, restauratie volgde. De busselneuzen werden vervangen door fokken; rond 1990 werd de bovenas doorboord om de remkleppen ook met de hand te kunnen bedienen.

Door omstandigheden kwam deze molen in 2000 tot stilstand en daarna, door het uitblijven van onderhoud, in verval. Dat was erg te betreuren, want tot die tijd was deze doelmatig uitgeruste molen vrijwel dagelijks in bedrijf. 

In de zomer van 2008 werd de molen overgenomen door de gemeente. In maart 2009 zette men, in afwachting van een grote herstelbeurt, de roeden kaal.
In oktober 2010 begon men met herstel van de stenen romp. Later werden de Potroeden gestreken om, evenals de lange spruit, in de werkplaats van molenmakerij Vaags geheel te worden hersteld. Begin 2012 was de molen uitwendig weer helemaal compleet.

Op 29 juni 2018 is de Heimolen door de gemeente Rucphen verkocht aan Klap van de Molen BV. Achter deze bedrijfsnaam zitten Peter Jansen en Ton Jaspers.
Het lag in de bedoeling om naast de molen een kleinschalige horecagelegenheid in te richten. Inmiddels bevindt zich hier "Gasterij de Heimolen".

In mei 2023 verving molenmakerij Coppes de staartbalk en de linker lange schoor en daarna kon de schilder aan de gang. Op 30 juni zag de molen er weer schitterend uit.