De Grote Molen van de polder Schellinkhout is een zeer waarschijnlijk tussen 1603 en 1638 gebouwde achtkante binnenkruier. Hij bemaalde de 650 ha grote polder door middel van een kolk en uitwateringssluis op de voormalige Zuiderzee.

Op een van 1603 daterende kaart is de molenkolk aangegeven met aan het eind daarvan een duidelijk als binnenkruier getekende molen. De in 1915 afgebroken achterste molen, die "De Kleine Molen" werd genoemd, moet dus de eerste molen van de polder zijn geweest. De vrij kleine vlucht van 19,8 m en de gedrongen vorm die deze molen had bevestigen dit en maken het zelfs zeer waarschijnlijk dat hij nog van de 16de eeuw dateerde.
Al in het begin van de 17de eeuw moet zijn gebleken dat één molen voor bemaling van deze polder niet langer voldoende was. Op een van 1638 daterende kaart staat de nu nog bestaande molen in elk geval al aangegeven. Ter onderscheiding van de andere werd hij De Grote Molen genoemd. Ongetwijfeld heeft de bouw ervan verband gehouden met de verminderde uitmalingscapaciteit van De Kleine Molen als gevolg van de steeds hoger wordende waterstanden op de Zuiderzee.

De oorspronkelijk met een scheprad uitgeruste molens zijn in de vorige eeuw vervijzeld. Bij de Grote Molen gebeurde dat in 1861 en bij de Kleine Molen in 1862.

In 1893 gebeurde iets opmerkelijks: beide ijzeren Potroeden, met de nummers 605 en 606 (uit 1870), werden vervangen door nieuwe, ook van Pot. Die kregen de nummers 1675 en 1676. Kennelijk voldeden de oude roeden, pas 23 jaar in gebruik, niet. 

In 1900 plaatste men naast De Grote Molen een hulpgemaaltje: een door een petroleummoter gedreven centrifugaalpomp. De capaciteit van dit gemaal werd in 1914 zodanig vergroot dat de beide windmolens buiten bedrijf konden worden gesteld. De Kleine Molen is vrij snel hierna, 1915, voor afbraak verkocht. 

De Grote Molen heeft daarna nog jaren met het wiekenkruis in overhekstand gestaan, tot beide roeden omstreeks 1930 werden verkocht. Hun bestemming is bekend: zij gingen naar korenmolen De Hoop te Oude Niedorp, waar zij (iets ingekort) nog altijd aanwezig zijn. Romp met kap en bovenas bleven in Schellinkhout achter. 

In 1958 droeg de polder de romp, waaruit het gaandewerk inmiddels was verwijderd en alleen nog als woning diende, over aan de gemeente Schellinkhout. Deze kon echter niet aan haar verplichting tot restauratie  voldoen en zo kwam de romp in 1974 in bezit van de opvolger van de polder Schellinkhout: het inmiddels door polderconcentratie ontstane waterschap West-Friesland. Dit waterschap droeg de molen op zijn beurt in 1979 over aan de Stichting De Westfriese Molens.

Deze eigenaar gaf al kort daarna opdracht tot algeheel herstel. De molen werd niet alleen van buiten grondig gerestaureerd maar ook volledig maalvaardig gemaakt. In 1980 leverde men deze grote klus op. 

Constructie
Het eiken achtkant staat niet op penanten maar op lage veldmuurtjes. Te zien aan het metselwerk dateren deze muurtjes pas van de 19e eeuw. 
Het vermoeden bestaat dat de molen oorspronkelijk geen ondertafelement heeft gehad, maar dat dit eerst later is aangebracht en dat bij die gelegenheid ook de stenen voet is vernieuwd.
In het verleden is het verband in de achtkantconstructie al eens vergroot door middel van zware extra veldregels. In ieder veld is er een aangebracht ter hoogte van de middelzolder. Boventafelement, rolvloer, kuip en kap zijn al eens vernieuwd, waarschijnlijk in 1855.
Bij de restauratie van 1979/80 kreeg de molen het bovenschijfloop van de molen te Waarland en de koningspil uit de voormalige molen van de Hooglandspolder te Barsingerhorn. (In 2017 keerde het oude bovenschijfloop terug naar Waarland en kreeg 'Schellinkhout' een nieuw). 

Onder de molen zijn nog de vroegere krimpmuren van een scheprad aanwezig. Merkwaardigerwijs stond dit in de lengterichting van de kolk gesteld, welke stand correspondeert met de plaatsing van de gebinten van het achtkant. Het vermoeden bestaat dat de molen ooit ook als bovenmolen heeft gediend om de door de achterste molen volgemalen kolk bij hoge buitenwaterstanden op zee te kunnen afmalen. Misschien had hij een dubbelfunctie en is hij ooit zo ingericht geweest dat al naar gelang de zeestand zowel de polder als de kolk kon worden bemalen. Zulke molens waren tot in de eerste helft van de 19e eeuw onder andere aanwezig in de naburige polders Het Grootslag en De Vier Noorder Koggen. Om af en toe als bovenmolen te kunnen dienen moest de kolk door middel van een sluisje in twee compartimenten verdeeld kunnen worden. Op de kadastrale kaart van 1824 is naast de molen duidelijk een vernauwing te zien die een aanwijzing zou kunnen zijn dat daar inderdaad een sluisje heeft gelegen.

Na de ruilverkaveling midden jaren negentig van de 20ste eeuw is het peil van de polder Schellinkhout verlaagd zodat de molen de polder niet meer direct kan bemalen. De molen bemaalt nu een langs de molen lopende sloot die dient als inlaatsloot voor het meer noordelijker gelegen poldergebied bij Blokker. Het peil van deze inlaatsloot is het voormalige peil van de polder Schellinkhout. De inlaat bevindt zich tussen molen en dijk, en laat het IJsselmeerwater in vanuit de molenkolk. Ondanks deze nieuwe situatie wordt er zo nu en dan bij voldoende water toch nog wel met de vijzel gemalen, want met het bijhorende achterland omvat de inlaatsloot een behoorlijke hoeveelheid water. Het echte bemalen van de polder is helaas over, maar desondanks is de molen altijd nog zeer vaak draaiend (en soms dus malend) te zien. 
Bij dit alles valt één ding nog op: de molen maalt het water niet óver de voormalige zeedijk, maar onder de dijk door, via een duiker. Hierover valt nog op te merken, dat bij het dijkverbeteringplan Zuiderdijk 2009 de gemetselde molenkom en duiker moesten worden aangepakt. Helaas bleek de gewelfvormige gemetselde duiker toen niet meer te restaureren en is daarom vervangen door een ter plaatse gestorte betonnen duiker. De molenkom is wel in origineel gemetselde staat gerestaureerd.