Molen 'De Gooyer' is een oorspronkelijk omstreeks 1725 gebouwde en als korenmolen ingerichte bovenkruier met stelling.
De vroegste geschiedenis met betrekking tot deze molen voert terug tot in de 16de eeuw. De molen bestond reeds bij het uitbreken van de 80-jarige oorlog en werd in 1572 door Lumey vernield, te samen met alle andere gebouwen rondom de muren van Amsterdam. Eerst ca 20 jaar later werd bij herbouwd door de zoon van de toenmalige eigenaar. In 1603 werd de ene helft en in 1609 de andere verkocht aan Claes en Jan Willemsz., gebroeders uit Gooiland. De naam De Gooyer stamt uit deze tijd.
In 1620 wordt bij vermeld als De Goyermolen. Deze molen - een standerdmolen zoals vrijwel alle korenmolens uit die tijd - werd, mogelijk vanwege windbelemmering als gevolg van de stadsuitleg in 1613, rond 1640 verplaatst naar de oostzijde van de Amstel. De doortrekking van de vestinggordel van de stad leidde in 1662 of kort hierna nogmaals tot verplaatsing en wel naar het bolwerk Oosterbeer.

In of omstreeks 1725 is de vermoedelijke standerdmolen vervangen door de huidige achtkante bovenkruier met stelling.
In 1814 werd de molen, vanwege windbelemmering door een in 1811 gebouwde kazerne, op stadskosten verplaatst naar de stenen voet van een van de twee in 1812 afgebroken stadswatermolens, die in de nabijheid hadden gestaan. Deze stadswatermolens waren oorspronkelijk in 1688 gebouwd aan de Zeeburg voor de waterverversing van de stad, maar in 1759 verplaatst naar het Funen.

In 1904 werd onder in De Gooyer, die in 1843 twee koppel stenen bezat, een gasmotor geplaatst. Omstreeks 1920 is de windmolen buiten bedrijf gekomen, maar het maalbedrijf werd tot het eind van de jaren twintig voortgezet met een op de begane grond geplaatste en door een zuiggasmotor aangedreven maalinrichting.
In 1927 was de in slechte staat geraakte stelling al niet meer aanwezig. Nadat al omstreeks 1918 was overwogen de wieken te verwijderen, werd in 1928 de in verval verkerende molen door de gemeente aangekocht.

In 1929/30 vond algehele restauratie plaats en het bij die gelegenheid aangebrachte systeem Dekker maakte De Gooyer tot de eerste verdekkerde korenmolen in ons land. Overigens is er bij deze restauratie veel meer gebeurd: de oorspronkelijke inrichting werd grotendeels verwijderd. Uit een rapport van 1927 blijkt dat de molen toen drie koppel stenen bezat en dat het spoorwiel zich op de luizolder, een zolder hoger dan de stenen, bevond. Zeer waarschijnlijk is al het oorspronkelijke gaandewerk bij de restauratie vervangen door wat nu aanwezig is. Vermoedelijk kwam dat uit de voorraad van molensloper De Boer.
Maar daar was het niet bij gebleven: ook wiekenkruis en bovenas werden gewisseld! De eerste gietijzeren as werd hier omstreeks 1868 aangebracht. Hij was naar alle waarschijnlijkheid afkomstig uit een in die tijd afgebroken molen van de Zuidpolder bij Dordrecht. Bij de restauratie in 1929 is deze vervangen door een exemplaar dat afkomstig is uit een van de twee voormalige molens van de Gemeenschapspolder bij Weesperkarspel. 

Na in de Tweede Wereldoorlog veel voor particulieren te hebben gemalen, is de molen nog tot het eind van de jaren '40 in gebruik geweest. Steeds was de molen verhuurd aan de bekende korenmolenaarsfamilie Schuurman. In de jaren '60 van de 20ste eeuw werd er nog enige tijd bloedmeel, een zeer onwelriekende stikstofmeststof, gemalen. Daarna werd de molen alleen nog af en toe aan het draaien gebracht.

Op 13 november 1972 sloeg de molen als gevolg van een zware storm op hol: de inderhaast te hulp geroepen molenaar kreeg de zaak niet meer onder controle, de bovenas brak en het wiekenkruis stortte als gevolg naar beneden. Grote schade was het gevolg.

Restauratie ondervond vertraging, omdat er voor deze grote molen geen bovenas van het juiste formaat meer beschikbaar was. Er was maar één oplossing: een nieuwe bovenas gieten. Positief hierbij was dat op deze manier de grenzen in de molenbouw werden verlegd en het gieten van molenassen daarna veel vaker gebeurde. 
Na het gereedkomen van de herstelwerkzaamheden in 1976 is de molen weer met regelmaat in werking gesteld.

In 2016 werd volop aan de molen gewerkt: nieuwe windpeluw met voorkeuvelens, delen van de stelling vernieuwd en ook heeft men de roeden vervangen.

Constructie
De nagenoeg geheel van grenenhout gemaakte romp bestaat uit een onder- en bovenachtkant, ieder met drie bintlagen, die zijn geplaatst op een ca. 7 m. hoge vierkante stenen onderbouw. Volgens oude afbeeldingen van de stadswatermolen die hier heeft gestaan, was de stenen voet oorspronkelijk de helft lager en moet deze in 1814 aanmerkelijk zijn verhoogd. Aan inkepingen in de stijlen en legeringsbalken van het onderachtkant is te zien dat er vroeger een andere verdeling van veldkruisen is geweest en dat het onderachtkant vroeger beneden wijder was dan boven. Bij de verplaatsing in 1814 moet men de benedenwijdte hebben verkleind, waarschijnlijk om hem aan te passen aan de afmetingen van de bestaande fundering. Dat de molen verplaatst is kan mede worden afgeleid uit de secundair gebruikte materialen die hier en daar deel uitmaken van de constructie.