De molen werd tot de jaren 1960 voor het malen van veevoeder gebruikt. In die tijd was de molen eigendom van de molenaarsfamilie Roels.

In 1974/1975 onderging de molen een ingrijpende restauratie. In die periode ging het eigendom over naar nazaten van de bouwheer van deze molen, de familie Van der Lely. De uit Winsum (Gn.) afkomstige molenaar Luitje Noordhof startte hier vervolgens een maalbedrijfje. Met het ene koppel stenen werd tarwe voor menselijke consumptie gemalen. Het wat vroege overlijden van Noordhof in 1985 maakte aan deze activiteit helaas een einde.

Daarna volgde een periode van langdurige stilstand. Wél werd incidenteel schilderwerk uitgevoerd en kreeg de kap in 2001 geheel nieuw riet.
Het uitblijven van toezicht en onderhoud wreekte zich zondag 27 oktober 2002: toen liep de molen bij zware storm, nadat de (doorgeroeste) ketting was gebroken, door de vang. Snel ingrijpen van o.m. de molenaar van de Dijkmolen heeft erger voorkomen. Wél brak bij die gebeurtenis een korte schoor af (die op een geparkeerde auto terechtkwam). Om verdere problemen te voorkomen heeft men in februari 2003 de roeden kaalgezet en het staartwerk verwijderd. 

In september 2006 begon met een dikverdiende restauratie. 12 april 2007 werden nieuwe roeden gestoken en kort daarna kon weer worden gedraaid. De vangstok maakte bij deze gelegenheid plaats voor een trommel; aan diverse details was nog te zien dat de molen die ooit moest hebben gehad. In de loop van 2008 was er weer sprake van regelmaat in het draaien en werd er soms ook gemalen. 

Evenwel werd tijdens deze restauratie ook duidelijk dat het metselwerk opnieuw aan ingrijpend herstel toe was. Na veel voorbereiding draaide "De Drie Lelies" op 13 augustus 2009 voorlopig voor het laatst, waarna de zeilen en windborden werden verwijderd. Vervolgens werd begonnen aan de stenen romp.
Deze intensieve klus werd in mei 2010 opgeleverd, waarna de molen weer kon malen. 

Sinds april 2011 wordt weer gemalen voor enige bakkers.

Niet alleen de molen, maar ook de molenaarswoning en een bijbehorende schuur zijn erkend als rijksmonument. De molen maakt in dat opzicht deel uit van een complex.