Bovenmolen E is hier in 1636 gebouwd; daarvoor maakte deze molen enige jaren deel uit van een uit vier molens bestaande tweegang, die bij Rustenburg stond. Die gang was daar eind 1633, begin 1634 geplaatst.

Met de Ondermolens C en D en (de in 1936 afgebroken) Bovenmolen F maalde deze molen vanaf 1850 tweehoog op de Schermerboezem. Tot 1850 stonden hier namelijk ook twee ondermolens, de A en B, die toen voor afbraak werden verkocht. De molens C en D waren tot die tijd, logischerwijs, middenmolen. Geprobeerd werd namelijk, of het mogelijk was van de viertraps- een drietrapsbemaling te maken. Kennelijk was dit geen succes, want het bleef beperkt tot deze groep. 

Bovenmolen E werd in 1926 buiten bedrijf gesteld maar is aan het eind van de Tweede Wereldoorlog weer enige tijd in gebruik geweest.

In 1968-1969 vond restauratie plaats waarbij onder andere een nieuwe houten vijzel werd geplaatst. Deze werd in 1993 vervangen door een stalen exemplaar. Helaas moest men al snel constateren, dat deze vijzel niet voldeed. 

In het kader van de grote restauratieronde voor alle Schermermolens, eind jaren '90, heeft men toen ook Bovenmolen E onderhanden genomen: beide roeden werden gerepareerd en van een minder vlakke zeeg voorzien, enige stukken ondertafelement en vier velden riet werden vernieuwd. Heel belangrijk: de niet goed functionerende stalen vijzel werd weer vervangen door een houten exemplaar. Die laatste blijkt het werk wél aan te kunnen.

Bij Bovenmolen E diende zich later een probleem aan dat onderhand ernstig is: de molen verzakt, dit als gevolg van rotte funderingspalen. Begin 2024 was dat zover gevorderd dat de roeden tussen ZO en ZW aan de grond lopen en de molen uit die hoeken niet meer kan draaien. Men werkt aan een plan dat in twee dingen moet voorzien: een nieuwe fundering en herstel van de woning in de molen.